تبلغ مساحة اليابان 378000 كيلومتر مربع، وتعادل سدس مساحة المملكة العربية السعودية، وثلث مساحة مصر، وتزيد مساحتها عن مساحة بريطانيا بمقدار مرة ونصف. تشغل الجبال ثلاثة أرباع المساحة، وتغطي ما تبقى منها السهول والوديان. تتكون اليابان من سلسلة طويلة من الجزر، وتصل المسافة بين اقصاها في الشمال والجنوب إلى 3000 كيلومتر. والأربع جزر الرئيسية هي هوكايدو، وهونشو، وشيكوكو، وكيوشو. وتحيط باليابان البحار الغنية بالتيارات الدافئة والباردة مما يجعلها غنية بالثروة السمكية. تقع معظم اليابان في المنطقة المعتدلة الشمالية ويسودها طقس موسمي رطب. تهب عليها رياح جنوبية شرقية من المحيط الهادئ أثناء الصيف، ورياح شمالية غربية من قارة أوراسيا في الشتاء. تتميز اليابان بأربعة فصول واضحة المعالم فهي: الربيع والصيف والخريف والشتاء. ولعل أجمل منظرين في اليابان هما منظر تفتح "الساكورا" (زهور الكرز) في الربيع، والألوان الزاهية المبهجة من الأحمر والبرتقالي والأصفر لأوراق الخريف. ويستمتع اليابانيون بهذه الملامح التي تبين تغير الفصول ويتابعون آخر تطوراتها في تقارير جوية مخصصة توضح بالخرائط أماكن ذروة انتشارها. وتمتاز المنطقتان الواقعتان أقصى الشمال وأقصى الجنوب بتباين واسع في المناخ بينهما. ومن الممكن مثلا في شهر مارس (آذار) الاختيار بين الاستمتاع بحمام شمسي في الجنوب أو التزلج في الشمال! غالباً ما تعاني اليابان من الكوارث الطبيعية الخطيرة مثل الأعاصير والانفجارات البركانية والزلازل. وعلى الرغم من أن هذه الكوارث يمكن أن تودي بأرواح الكثيرين، كما حدث في زلزال كوبي في يناير (كانون الثاني) 1995 وزلزال نيغاتا-تشوإيتشو في أكتوبر (تشرين الأول) 2004، إلا أن اليابانيين يعملون جاهدين منذ عدة سنوات لتقليل آثارها المدمرة. وتستخدم اليابان أحدث التقنيات لتصميم مبان مقاومة للزلازل ومتابعة مسارات العواصف بمنتهى الدقة.